A principal diferença entre os certificados A1 e A3

Sobre o A1
É o arquivo digital gerado e armazenado no próprio computador pessoal do usuário, com validade de 1 ano.
Sobre o A3
Disponível em token ou cartão, pode ser utilizado em qualquer computador, com validade de 1 a 3 anos. Alguns serviços que precisam do modelo de Certificado do tipo A3: SPED Contábil (Escrituração Contábil Digital); DOI (Declaração Sobre Operações Imobiliárias); e-CNHsp e e-CRVsp, ambos somente para o Estado de São Paulo; e o Siscomex (Sistema Integrado de Comércio Exterior).

Conheça os tipos de Certificado Digital para cada perfil
1) Pessoa física (e-CPF)
É a versão eletrônica do CPF (Cadastro de Pessoa Física) e permite realizar operações na internet com a mesma validade jurídica que o documento físico. Também pode ser usado em instituições privadas, como já fazem alguns bancos para determinadas transações. Em instituições públicas como a Receita Federal e a Caixa, sua utilização é indispensável.
Veja abaixo os principais usos e obrigações fiscais que podem ser realizadas com o e-CPF:

Acessar o e-CAC
Consultar dados do IRPF
Acessar ao Receitanet
Acessar o SIOPS
Assinar a escrituração contábil e fiscal
Realizar transações de FGTS e Previdência Social
Enviar e fazer retificações no CAGED
Aderir ao Cadastro Positivo
Acessar o Sisprouni
Utilizar o e-DOC
Assinar prontuários eletrônicos
CEBAS
Assinatura de Contratos de Câmbio
Siscomex
ComprasNET
SPED
Serviços da Receita Federal
Acessar o e-CNH
Obter e-CRM

2) Empresas (e-CNPJ)
Possibilita a realização de transações online de maneira segura e com validade jurídica. O e-CNPJ deve ser emitido para o representante legal da empresa na Receita Federal.

Veja abaixo os principais usos e obrigações fiscais que podem ser realizadas com o e-CNPJ:

Acessar o e-CAC
Cadastrar, cancelar e consultar procuração no e-CAC
Acessar ao Receitanet
Acessar o Conectividade Social ICP
Emitir e parcelar a DAS
Emitir e Retificar o Redarf
Realizar transações no Sisprouni
Utilizar o GESP
Emitir declaração do CAGED
Assinar Escrituração Fiscal
Declarar o DMED (profissionais da saúde)
Cadastrar no INPI
Acessar o CNES
Solicitar financiamento no Finep
CEBAS
Assinatura de Contratos de Câmbio
Serviços da Receita Federal
CT-e
Enviar a DIPJ

3) Notas fiscais eletrônicas (NF-e)
São feitos especialmente para a empresa que precisa assinar as notas fiscais eletrônicas de forma segura e com validade jurídica. Tem a flexibilidade de ser emitido para alguém diferente do representante legal na Receita Federal (RFB), como o responsável pela emissão das notas. É um dos pilares do SPED (Sistema Público de Escrituração Digital), que incentiva os contribuintes a trocarem as notas fiscais pelas eletrônicas e facilita a comunicação com órgãos fiscalizadores e administrações tributárias (Receita Federal, Secretaria da Fazenda – Sefaz Estadual etc).

Veja abaixo as principais vantagens e obrigações fiscais que podem ser realizadas com o NF-e: